История Знаменского гарнизонного военного суда неразрывно связана с историей развития полигона «Капустин Яр».

13 мая 1946 года Постановлением Совета Министров СССР № 010117-419С для осуществления научных исследований и испытаний ракетной техники был создан Государственный Центральный полигон Министерства Вооруженных Сил СССР – ныне 4-й Государственный центральный межвидовой полигон Министерства Обороны Российской Федерации «Капустин Яр».

Для осуществления правосудия в частях и соединениях дислоцированных в городах Сталинград (ныне Волгоград), Астрахань и Ахтубинск, а также полигона Капустин Яр директивой Генерального штаба Вооруженных Сил СССР от 23 декабря 1947 года, создан военный трибунал - войсковая часть 15644, с дислокацией в с. Капустин Яр, председателем которого был назначен капитан юстиции Мельников И.Д.

Таким образом, днем образования Знаменского гарнизонного военного суда является 23 декабря 1947 года.

Директивой Генерального штаба Вооруженных Сил СССР от 26 июля 1960 года № ОРГ/А/61256 военный трибунал переименован в военный трибунал - войсковая часть 54233.

21 апреля 1992 г. очередной Съезд народных депутатов России внес дополнения в ст.163, 164 Конституции РСФСР, включив военные трибуналы в судебную систему Российской Федерации, вернув им прежнее, дореволюционное название «военные суды».

Приказом председателя Верховного Суда от 09 декабря 1999 года № 435 КД военный суд был переименован в Знаменский гарнизонный военный суд.

В данное время Знаменский гарнизонный военный суд располагается по месту дислокации 4 Государственного центрального межвидового полигона Капустин Яр в г. Знаменск Астраханской области.

В соответствии с приказом Председателя Верховного суда Российской Федерации от 15 апреля 2005 г. № 200 КД «Об установлении количества военных судов и численности судей военных судов», с изменениями, внесенными приказом от 19 февраля 2010 г. № 90 КД, и рекомендациями заместителя Председателя Верховного суда Российской Федерации – председателя Военной коллегии от 19 февраля 2010 г., к территориальной подсудности Знаменского гарнизонного военного суда по уголовным делам относятся объединения, соединения, воинские части и организации Ракетных войск стратегического назначения, 12-го Главного управления МО РФ, космических войск, КСПН (ныне – ОСК ВКО), Федеральной службы охраны России, дислоцированные на территории Южного и Северо-Кавказского федеральных округов, то есть на территории 13 республик, краев и областей Российской Федерации.

В связи с принятием Федерального закона от 12 ноября 2018 года № 403-ФЗ «О создании, упразднении некоторых военных судов и образовании постоянных судебных присутствий в составе некоторых военных судов» с 1 октября 2019 года Знаменский гарнизонный военный суд стал подведомственным Южному окружному военному суду.

С момента образования военного суда его возглавляли:

с 1948 по 1953 г. - Мельников И.Д.;

с 1953 по 1958 г. - Антонов Вячеслав Михайлович;

с 1958 по 1962 г. - Васильев Алексей Гаврилович;

с 1962 по 1963 г. - Трегубов Владимир Михайлович;

с 1963 по 1973 г. - Ястребов Иван Николаевич;

с 1973 по 1976 г. - Чайкин Василий Петрович;

с 1976 по 1981 г. - Гончаров Иван Поликарпович;

с 1981 по 1985 г. - Тихомиров Виталий Владимирович;

с 1985 по 1991 г. - Рубцов Валерий Леонидович;

с 1991 по 1995 г. - Печенкин Александр Степанович;

с 1995 по 1999 г. - Саликов Валерий Владимирович;

с 1999 по 2009 г. - Маржановский Николай Николаевич;

с 2010 по 2018 г. - Рачапов Рушан Мэлисович;

с 2018 по 2022 г. - Салов Сергей Владимирович.

В различное время в Знаменском гарнизонном военном суде проходили службу и успешно продолжают работать в вышестоящих судебных инстанциях и на руководящих должностях в военно-судебных органах:

Кожевников Борис Аширбаевич - заместитель председателя Апелляционного военного суда.

Семенков Сергей Владимирович - судья 2-го Западного окружного военного суда.

Егоров Олег Александрович - судья Апелляционного военного суда.

Основными задачами военного суда при рассмотрении дел являются обеспечение и защита нарушенных и (или) оспариваемых прав, свобод и охраняемых законом интересов граждан, юридических лиц, а также охраняемых законом интересов государства, федеральных органов государственной власти.

В настоящее время Знаменский гарнизонный военный суд, являясь частью судебной системы Российской Федерации, продолжает повышать качество отправления правосудия, укрепляя независимость и авторитет судебной власти.

Указом Президента Российской Федерации  от 7 октября 2022 г. № 715 председателем Знаменского гарнизонного военного суда на 6-ти летний срок полномочий назначен Оноколов Павел Юрьевич.